Fragmentação de habitats é a divisão de uma área de habitat em porções menores e mais isoladas. Pode resultar de processos naturais ou de intervenções humanas, como abertura de estradas, desmatamento e expansão urbana.
A fragmentação altera a conectividade da paisagem, dificulta o deslocamento de algumas espécies e amplia a influência das bordas sobre os fragmentos. Seus efeitos dependem do tamanho, da disposição e da qualidade das áreas restantes. Embora frequentemente acompanhada de perda de habitat, a fragmentação se refere à sua configuração espacial, enquanto a perda corresponde à redução da área disponível.