Estuário é um corpo de água costeiro parcialmente fechado, conectado ao mar, onde a água doce proveniente da drenagem continental se mistura com a água salgada. Sua dinâmica é influenciada pelas marés, pela vazão dos rios e pela circulação das águas.
A salinidade varia no espaço e ao longo do tempo, criando condições para diferentes habitats. Estuários podem reter sedimentos e nutrientes e servir de abrigo para diversas espécies. Diferem dos deltas, definidos principalmente pela acumulação de sedimentos na desembocadura, embora as duas configurações possam coexistir.